Контроль у неприбуткових організаціях здійснюється у формі аудиту, необхідність проведення якого зумовлюється рядом чинників, зокрема, некомерційні організації користуються послугами аудиторських організацій для ініціативного аудиту з метою установити правильність постановки бухгалтерського обліку, оптимізації оподатковування, для складання бюджету проектів, консультування по податкових і інших питаннях.